淡黄黄芩，多年生草本；
根茎短，密生簇生的纤维状须根。
茎连顶生花序高达55厘米，直立，钝四棱形，具四槽，基部粗达2.5毫米，密被蜷曲状具节白色疏柔毛，不分枝或在上部叶腋具短而具花的小枝，节间伸长，通常比叶长。
叶近膜质至草质，通常4对，三角形至卵圆形，最下一对常细小，其余的较大，长2.2-4-6厘米，宽1.7-4-6厘米，先端圆形至近锐尖，基部浅心形至截形，上面绿色下面较淡，两面密被蜷曲状具节白色疏柔毛下面尚间杂有淡黄色腺点，边缘具规则粗大波状圆齿，侧脉约4对，与中脉在上面稍凹陷下面突出；
叶柄长0.8-2.5厘米，扁平，密被蜷曲状具节白色疏柔毛。
花对生，在茎上排列成长13-16厘米，小枝上排列成长3-3.5厘米的顶生总状花序；
花梗长约2.5毫米，与序轴均密被白色疏柔毛；
苞片长圆形，无柄，先端钝形，基部渐狭，长4-6毫米，宽1.5-2毫米，具纤毛。
花萼开花时长约2.5毫米，疏被小疏柔毛，果时长5毫米，盾片开花时半圆形，开展，高2毫米，果时直伸，增大，高5毫米。
花冠干时淡黄色，长1.4-1.6厘米，外面极疏被具腺微柔毛，内面近无毛；
冠筒直伸，前方近基部膝曲状膨大，向上逐渐增大，至喉部宽3.5毫米；
冠檐2唇形，上唇盔状，内凹，先端微缺，下唇中裂片三角状卵圆形，先端微缺，宽达5毫米，两侧裂片卵圆形，宽2毫米。
雄蕊4，二强；
花丝扁平，约中部被小纤毛。
花盘肥厚，前方隆起；
子房柄极短。
花柱细长。
子房无毛。
成熟小坚果卵圆形，长0.75毫米，宽约0.5毫米，淡褐色，具瘤，腹面中央具一果脐。