河南黄芩，多年生草本；
根茎横卧，密生多数须状不定根。
茎直立，高70厘米，钝四棱形，深四槽，密被上曲微柔毛，不分枝，节间比叶稍长，在茎中部者长约6.5厘米。
叶具柄，茎中部叶柄长1.5厘米，腹凹背凸，密被上曲微柔毛；
叶片披针状卵圆形，长4-5.5厘米，宽2-5.5厘米，茎下部者早落，先端渐尖至尾状渐尖，基部浅心脏形，边缘具不整齐锐锯齿，上面绿色，疏被微柔毛，下面较淡，沿脉上密生短柔毛，余部极密被紫红色腺点，侧脉3对，上面凹陷，下面隆起。
花序总状，顶生或腋生，腋生者下部常具一对营养叶，花序长可达6厘米，少花，序轴密被具腺微柔毛；
花梗长达3毫米，密被具腺微柔毛，基部具一对长达2毫米的针状小苞片；
苞片披针形至线形，具疏齿至全缘，长0.4-1.3厘米犷宽1-4毫米。
花萼开花时长4毫米，外密被具腺微柔毛，盾片高1.5毫米。
花冠紫色，长1.3厘米，外被具腺短柔毛，内无毛；
冠筒直伸，基部前方稍膨大；
冠檐二唇形，上唇短小，盔状，内凹，先端微缺，下唇中裂片卵圆形，宽4毫米，近全缘，2侧裂片卵圆形，宽1.5毫米。
雄蕊4，前对稍长；
花丝扁平，中部被疏柔毛。
花柱丝状，先端锐尖，微裂。
花盘前方隆起，后方延伸成短子房柄。
子房4裂，裂片等大。
花期5月。
