黑花茜草的花期在8月，果期在10月。
黑花茜草的茎直立或上部柔弱，不分枝或少分枝，方柱形，有4棱或狭翅，棱上有微小倒生皮刺，触之粗糙。
黑花茜草的学名是Rubia mandersii Coll. et Hemsl.
黑花茜草的果实（未成熟）为小球形，直径约3毫米，干时黑色，单生或双生。