黑花茜草生于海拔1900-3000米处的干旱石山或松林中。
黑花茜草的聚伞花序腋生和顶生，有纤细而长的总梗；小苞片小，狭长圆形或披针形。花绿白色或绿黄色，干后不变黑，花冠辐状，下部1/3合生，裂片5，狭卵形或卵形，长1.6-2毫米，顶端内弯，有时黑紫色。
黑花茜草的果实（未成熟）为小球形，直径约3毫米，干时黑色，单生或双生。
黑花茜草产于四川木里及云南中甸、大理、大姚、楚雄、景东、文山、广南。