凹籽远志，一年生直立草木，高（10-）15-20厘米；
茎圆柱形，具纵棱，无毛；
小枝生于茎顶端，细而伸展。
单叶互生，叶片纸质，卵形或椭圆形至椭圆状披针形，长3-4厘米，宽1.5-2厘米，先端渐尖，基部楔形下延，叶面绿色，疏被白色刚毛或沿边缘密被小刚毛，背面苍白色，无毛，主脉上面凹陷，背面隆起，侧脉5-6对，于边缘处网结；
叶柄长约1厘米。
总状花序顶生或腋生，长1-4厘米，花梗细，长0.5-1毫米，具钻形苞片3枚，不等大，早落；
萼片5，花后脱落，外面3枚卵形，长约1.5毫米，内面2枚花瓣状，椭圆形，长3-3.5毫米，先端圆形，基部具爪；
花瓣3，黄色，侧生花瓣长方状长圆形，较龙骨瓣长，龙骨瓣顶端具1顶端阔而微凹的蝶结状鸡冠状附属物；
雄蕊8，花丝于2/3以下合生成鞘，花药卵形，顶孔开裂；
子房椭圆形，长约1毫米，径约0.5毫米，花柱由下向上加宽，并弯曲，顶端呈斜喇叭形。
蒴果略圆形，径约3毫米，具翅，种子黑色，椭圆形，长约1.2毫米，径约1毫米，具小瘤状突起，疏被白色柔毛，种阜2裂下延，在另端具1长达种子长度2/3的亮黑色、长圆形稍弯曲的附属体。
花果期10-11月。