云南肉豆蔻，乔木，高15-30米，胸径30-70厘米；
树干基部有少量气根；
树皮灰褐色；
幼枝和芽密被锈色微柔毛，不久即脱落，老枝有时密生明显的小瘤突，无毛，暗褐色。
叶坚纸质，圆状披针形或长圆状倒披针形，长（24-）30-38（-45）厘米，宽8-14（-18）厘米，先端短渐尖，基部楔形、宽楔形至近圆形，表面暗绿色，具光泽，无毛，背面锈褐色，密被锈色树枝状毛，不甚脱落；
侧脉在20对以上，多达32对，表面下陷，背面隆起；
第三次小脉不明显；
叶柄长2.2-3.5（-4）厘米，无毛。
雄花序腋生或从落叶腋生出，2歧或3歧式假伞形排列，花序长2.5-4厘米，每个小花序有花3-5；
总花梗粗壮，长1.6-1.8厘米，密被锈色绒毛；
雄花壶形，开展时长5-6毫米，宽4-5毫米；
花被裂片3，三角状卵形，先端钝，镊合状，外面密被锈色短绒毛，里面无毛，暗紫色；
小苞片卵状椭圆形，着生于花被基部，紧包雄花，脱落后留有明显的疤痕；
雄蕊7-10枚，合生成柱状，花药细长，线形外向，紧贴于雄蕊柱，柱顶端微突出，基部被毛，小花梗约与雄花等长；
雌花未见。
果序通常着生于叶腋或落叶腋部，基部具明显的叶痕，序轴颇粗壮，密被锈色绒毛，着成熟果1-2个；
果椭圆形，先端偏斜，具小突尖，基部具环状花被痕，痕宽1.5-2.5毫米，成熟果长4-5.5厘米，直径约3厘米，外面密被具节的锈色绵羊毛状毛；
具粗壮的短柄，长约6毫米，直径约5毫米；
果皮厚，干时约4-5毫米；
假种皮成熟时深红色，撕裂已基部或成条裂状；
种子卵状椭圆形，先端浑圆，基部稍截平，长3.5-4.2厘米，直径2.2-2.4厘米，干时暗褐色，具粗浅的沟槽；
种皮薄壳质，易裂。
花期9-12月，果期3-6月。
