鹤庆微孔草，茎直立，高1.4-8厘米，自基部分枝或不分枝，密被短糙毛，有少数叶。
基生叶及茎下部叶匙形，有短柄，其他叶狭椭圆形，近无柄或无柄，长0.6-1.6厘米，宽2-5.5毫米，顶端圆形或钝，基部渐狭或宽楔形，两面均稍密被短糙伏毛。
花自茎下部起与叶对生，或数朵在茎及分枝顶端组成短花序；
花萼长约2毫米，5裂近基部，裂片披针状线形，外面及边缘疏被长糙毛，内面上部有短伏毛；
花冠蓝色，无毛，檐部直径约4毫米，5裂，裂片圆倒卵形，筒长约1.8毫米，附属物梯形，高约0.4毫米。
小坚果宽卵形，长约1.5毫米，宽约1.2毫米，有小瘤状突起，无毛，背孔位于背面中部之上，椭圆形，长约0.5毫米，着生面位于腹面中部。
8月开花。
