木里微孔草，茎高11-19厘米，自基部分枝，疏被开展的硬毛或刚毛。
基生叶及茎中部以下叶有柄，椭圆形，椭圆状卵形或匙状椭圆形，包括柄（长达1厘米）长1.4-2.7厘米，宽4-10毫米，顶端圆形或钝，基部渐狭或宽楔形，茎上部叶较小，无柄，椭圆形，长0.4-1.4厘米，两面密被短糙伏毛，毛在下面较密。
花少数组成短而密集的花序生于叶腋及茎端；
苞片狭椭圆形，长达2毫米；
花梗长约1毫米；
花萼长约2毫米，果期长达4毫米，5裂近基部，裂片线形，顶端钝，两面有短伏毛，边缘密被短糙毛；
花冠深蓝色，檐部直径约5.5毫米，无毛，5裂，裂片近圆形，筒长约1.8毫米，无毛，附属物正三角形，高约0.7毫米，边缘有短毛。
小坚果卵形，长1.6-1.8毫米，宽1-1.2毫米，有小瘤状突起，被短毛，背孔位于背面中部之上，狭长圆形，长0.7-0.9毫米，着生面位于腹面近基部处。
8月开花。