巴塘微孔草，茎直立，高达14厘米，疏被短伏毛和开展的硬毛，分枝只在花序下有2叶。
基生叶及茎下部叶具长柄，匙形，长2.8-4.7厘米，宽4-9毫米，顶端钝，基部渐狭，茎中部以上叶近无柄或无柄，狭长圆形式匙状倒披针形，长1.8-3.4厘米，顶端急尖，两面均被短糙伏毛。
花序生茎或分枝顶端，密集，直径0.5-1厘米；
苞片狭三角形至线状披针形，长2-5毫米；
花梗长0.5-2.5毫米；
在茎中部之上分枝处有1朵与叶对生具长梗（花梗长达2.5毫米）的花。
花萼长约3毫米，5裂至基部，裂片三角状披针形，两面疏被短伏毛，边缘密被短柔毛；
花冠蓝色，无毛，檐部直径约8毫米，裂片近圆形，筒部长约2毫米，附属物低梯形，长约0.5毫米。
6月开花。
