小鸢尾，多年生矮小草本，植株基部淡绿色，围有3-5枚鞘状叶及少量的老叶残留纤维。
根状茎细长，坚韧，二歧状分枝，横走，棕黄色，节处膨大；
须根细弱，生于节处，棕黄色。
叶狭条形，黄绿色，花期叶长5-20厘米，宽1-2.5毫米，果期长可达40厘米，宽达7毫米，顶端长渐尖，基部鞘状，有1-2条纵脉。
花茎高5-7厘米，中下部有1-2枚鞘状的茎生叶；
苞片2枚，草质，绿色，狭披针形，长3.5-5.5厘米，宽约6 毫米，顶端渐尖，内包含有1朵花；
花淡蓝紫色，直径3.5-4厘米；
花梗长0.6-1厘米；
花被管长2.5-3 (5) 厘米，外花被裂片倒卵形，长约2.5厘米，宽1-1.2厘米，盛开时上部平展，有马蹄形的斑纹，爪部楔形，中脉上有黄色的鸡冠状附属物，表面平坦似氈绒状，内花被裂片倒披针形，长2.2-2.5厘米，宽约7毫米，直立；
雄蕊长约1厘米，花丝及花药皆为白色；
花柱分枝淡蓝紫色，长约1.8厘米，宽约4毫米，顶端裂片长三角形，外缘有不明显的疏齿，子房绿色，圆柱形，长4-5毫米。
蒴果圆球形，直径1.2-1.5厘米，顶端有短喙；
果梗长1-1.3厘米，苞片宿存于果实基部。
花期3-4月，果期5-7月。
