贡山凤仙花，一年生矮小草本，高10-30厘米，全株无毛，具少数须根。
茎直立，不分枝或稀基部有短分枝，下部长裸露。
叶互生，通常密集于茎端或近轮生，叶片膜质，披针形或狭长圆状披针形，长3-6 (7) 厘米，宽0.5-1.5厘米，顶端渐尖或长渐尖，基部狭楔形狭成长5-10毫米的叶柄，边缘具密圆齿状齿，齿端具小尖，上面深绿色，下面灰绿色，侧脉5-6对，两面均无毛。
总花梗生于上部叶腋，短于叶或约与叶等长，长2-3厘米，仅具1花，在花梗中部或中上部有苞片；
苞片草质，卵形，或卵状披针形，长4-5毫米，宽2毫米，急尖，宿存。
花大，蓝紫色，长3.5-4厘米，侧生萼片2，斜宽卵形，或卵状圆形，长7-8毫米，宽5-6毫米，顶端尖，被贴生微毛，具5-7脉，旗瓣圆形，直径13-15毫米，中肋背面增厚，中部或中下部具鸡冠状突起，顶端尖；
冀瓣无柄，长23-25毫米，2裂，基部裂片圆卵形，上部裂片斧形，背部具半月形反折的小耳；
唇瓣檐部宽漏斗形，长2.5-3厘米，口部近平展，宽18-20毫米，先端尖，基部急狭成长1.5-2厘米内卷顶端不分裂的距。
距粉红色，具条纹。
花丝线形，长3-4毫米；
花药卵圆状，顶端钝。
子房纺锤形，直立，长3-4毫米，顶端喙状，弯。
未成熟的蒴果线形，长1厘米，顶端喙尖。
花期8-9月。