丽江麻黄，灌木，高50-150厘米；
茎粗壮，直立；
绿色小枝较粗，多直伸向上，稀稍平展，多成轮生状，节间长2-4厘米，径1.5-2.5毫米，纵槽纹粗深明显。
叶2裂，稀3裂，下部1/2合生，裂片钝三角形或窄尖，稀较短钝。
雄球花密生于节上成圆团状，无梗或有细短梗，苞片通常4-5对，稀6对，基部合生，假花被倒卵状矩圆形，雄蕊5-8，花丝全部合生，微外露或不外露；
雌球花常单个对生于节上，具短梗，苞片通常3对，下面2对的合生部分均不及1/2，最上1对则大部合生，雌花1-2，珠被管短直，长不及1毫米。
雌球花成熟时宽椭圆形或近圆形，长8-11毫米，径6-10毫米；
苞片肉质红色，最上一对常大部合生，分离部分约1/5或更少，雌球花成熟过程中基部常抽出长梗。
最上一对苞片包围种子，种子1-2粒，椭圆状卵圆形或披针状卵圆形，长6-8毫米，径2-4毫米。
花期5-6月，种子7-9月成熟。
