毛穗香薷，一年生草本，高15-37厘米。
茎四稜形，常带紫红色，简单或自基部向上在节处均具短分枝，分枝能育，茎、枝均被微柔毛。
叶长圆形至卵状长圆形，长0.8-4厘米，宽0.4-1.5厘米，先端略钝，基部宽楔形至圆形，边缘具细锯齿或锯齿状圆齿，草质，两面黄绿色，但下面较淡，两面被小长柔毛，侧脉约5对，与中肋在上面下陷下面隆起；
叶柄长1.5-9毫米，腹平背凸，密被小长柔毛。
穗状花序圆柱状，长（1）1.5-5厘米，花时径达1厘米，于茎及小枝上顶生，由多花密集的轮伞花序所组成，位于下部1-3个轮伞花序常疏离而略间断；
最下部苞叶与叶近同形但变小，上部苞叶呈苞片状，宽卵圆形，长1.5毫米，先端具小突尖，外被疏柔毛，边缘具缘毛，覆瓦状排列；
花梗长达1.5毫米，与序轴密被短柔毛。
花萼钟形，长约1.2毫米，外面密被淡黄色串珠状长柔毛，萼齿三角形，近相等，具缘毛，果时花萼圆筒状，长4毫米，宽1.5毫米。
花冠黄色，长约2毫米，外面被微柔毛，边缘具缘毛，冠筒向上渐扩大，冠檐二唇形，上唇直立，先端微缺，下唇近开展，3裂，中裂片较大。
雄蕊4，前对稍短，内藏，花丝无毛，花药卵圆形。
花柱内藏，先端相等2浅裂。
小坚果椭圆形，长1.4毫米，褐色。
花、果期7-9月。
