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大理青兰的花期是8-9月。
花萼长1.4-1.6厘米，外面密被短柔毛及睫毛，2裂约至1/3处，上唇3裂至本身4/5处，3齿完全等大，长三角形，先端钻状渐尖，下唇略短，2裂稍超过本身基部，齿似上唇之齿。
大理青兰的花冠是蓝色的。
