黑水翠雀花，茎高60-120厘米，无毛，不分枝或上部分枝，近等距地生叶。
茎中部叶较长柄；
叶片五角形，长7-8.5厘米，宽10-15厘米，三深裂，深裂片近邻接，中深裂片菱形，顶端短渐尖，下部全缘，在中部三裂，二回裂片有三角形锐牙齿，侧深裂片斜扇形，不等二深裂稍超过中部，表面散生、背面只沿脉疏被糙伏毛；
叶柄比叶片稍长，无毛。
顶生总状花序长20-30厘米，有多数花；
轴和花梗无毛；
基部苞片叶状，其他苞片极小，线形至钻形，长3-12毫米；
花梗长2-9厘米；
小苞片生花梗下部至上部，线形至丝形，长2-5毫米，宽0.2-0.3毫米，通常无毛；
萼片蓝紫色，倒卵形或椭圆状卵形，长1-1.8厘米，外面中部有短柔毛，内面无毛，距钻形，长（1.6-）2.2-2.5（-3）厘米，下部稍向下弯曲至呈马蹄形弯曲；
花瓣紫色，无毛；
退化雄蕊与萼片同色，瓣片二裂至中部，有短缘毛，腹面中央密被黄色髯毛；
雄蕊无毛；
心皮3，无毛。
蓇葖长1.4-1.7厘米；
种子倒卵球形，长约1.5毫米，密生鳞状横翅。
8-9月开花。
