短茎柴胡，多年生矮小草本，丛生，呈蓝灰绿色，根粗短，木质化。
茎高2-10厘米，下部微触地，再斜上，分枝曲折。
基部节间很短，基生叶簇生，并有枯萎残余叶柄，叶基有时带紫红色，基生叶线形或狭倒披针形，长2-5厘米，宽1-4毫米，质较厚，3-5平行脉，顶端尖锐，基部略狭，边缘干燥时常内卷；
茎生叶较短而阔，披针形或狭卵形，长1-2厘米，宽3-5毫米，7-9脉，顶端尖锐，基部无柄，抱茎，边缘有细白边。
复伞形花序顶生及侧生，直径1-2.5厘米；
花序梗长1-3厘米；
总苞片1-4，不等大，卵状披针形，长4-9毫米，宽1-2.5毫米；
伞辐3-6，不等长，长1.5-4毫米；
小总苞片5，很少6、7片，绿色，背有白粉，质厚，卵形，长4.5-5毫米，宽1.2-2毫米，与小伞形花序等长或略长，顶端尖锐，有硬尖头，3脉向背部凸出；
小伞形花序直径4-6毫米；
花10-15；
花柄长约1毫米；
花瓣黄色，舌片顶端2裂；
花柱基深黄色。
子房棱显著，棱间有白粉。
果卵圆状椭圆形，棕色，长3.5-4毫米，宽1.8-2.5毫米，棱槽油管3，偶为4，合生面4。
花期6-7月，果期8-9月。
