云南小檗，落叶灌木，高约1米。
幼枝暗红色，老枝棕黄色，明显具槽和黑色疣点；
茎刺细弱，三分叉，长1-2.5厘米。
叶纸质，倒卵形或长圆状倒卵形，长3-6厘米，宽1-2厘米，先端圆形或具短尖头，基部下延，楔形，通常全缘，偶每边具2-3刺齿，上面暗绿色，秋季紫红色，侧脉3-4对，背面浅绿色，具乳突，中脉和侧脉微突起；
具短柄。
花通常2-4朵簇生，有时可达10朵；
花梗长2-4厘米，光滑；
萼片2轮，外萼片长圆状倒卵形，长约5毫米，宽约2.5毫米，内萼片形状与外萼片相似，长7-8毫米，宽4-5毫米；
花瓣倒卵形，长约5毫米，宽约3毫米，先端缺裂，裂片圆钝，基部具2枚分离腺体；
雄蕊长约4毫米，药隔先端延伸，近突尖；
胚珠2-3枚。
浆果紫红色，长圆状卵形，长10-12毫米，直径5-7毫米，顶端无明显宿存花柱，不被白粉。
花期5-6月，果期8-10月。
