甘南小檗，落叶灌木，高约1.5米。
枝圆柱形，紫黑色，无毛，散生黑色庆点；
茎刺单一，长1-2厘米，与枝同色，腹面具槽。
叶纸质，椭圆形或倒卵状椭圆形，长8-20毫米，宽4-10毫米，先端圆钝，基部楔形，上面绿色，中脉和侧脉微隆起，网脉不显，背面淡绿色，无毛，不被白粉，中脉和侧脉明显隆起，网脉微显，叶缘平展，全缘；
近无柄。
伞形状总状花序具3-7朵花，长3-4厘米，包括总梗长1-1.6厘米，无毛；
花梗长约1厘米，无毛；
花黄色；
萼片2轮，外萼片椭圆形，长3.8-4毫米，宽2-2.1毫米，内萼片阔椭圆形，长4-4.2毫米，宽3-3.2毫米；
花瓣椭圆形，长5-5.5毫米，宽3-3.4毫米，先端全缘，基部楔形，具2枚分离椭圆状腺体；
雄蕊长约3毫米，药隔不延伸，先端近截形；
胚珠3枚，具短柄。
果未见。
花期5月。