小横蒴苣苔，多年生草本。
根状茎长1.5厘米，直径0.4厘米。
叶全部基生，具柄；
叶片小，椭圆形，长1-3.5厘米，宽0.6-2厘米，基部圆形或稍心形，边缘具浅圆齿或近全缘，两面被较密的长柔毛，侧脉每边3-4条，上面不明显，下面稍隆起；
叶柄长1-2厘米，被长柔毛。
聚伞花序，3-8条，每花序具1-3花；
花序梗长2-4厘米，疏被细长柔毛；
苞片卵形，长约1毫米，被细柔毛；
花梗长约7毫米，被细柔毛。
花萼5裂至基部，裂片近相等，披针形，长约1.5毫米，宽不及1毫米，外面疏被细柔毛。
花冠近斜钟状，淡紫蓝色，长约8毫米，直径4.5毫米，无毛；
筒长4毫米，直径3.5毫米；
上唇长2毫米，2深裂，裂片近圆形，长1.8毫米，下唇长4毫米，3裂至中部之下，裂片相等，长圆形，长约3毫米，宽1.4毫米。
雄蕊4，无毛，花丝细，长2.5-3毫米，着生于花冠近基部，花药长0.5毫米，顶端全部连着，药室2，顶端汇合；
退化雄蕊长0.5毫米，着生于具花冠基部1毫米处。
花盘高0.3毫米。
雌蕊被疏柔毛，子房卵球形，长1毫米，直径0.8毫米，花柱细，长3毫米，柱头头状。
蒴果狭长圆形，长8-10毫米，直径约2毫米。
种子小，长0.3毫米，黑褐色，表面具网状纹饰。
花期5月。
