祁连山黄芪的模式标本采自青海祁连县牛心山。
祁连山黄芪的小叶卵圆形或长圆形，长1-2厘米，宽5-10毫米，先端钝或微凹，基部宽楔形或近圆形。
祁连山黄芪的旗瓣宽倒卵形，长10-11毫米，先端微凹，翼瓣与旗瓣近等长，瓣片长圆形，长约4毫米。
祁连山黄芪的花冠黄色，干时呈黑褐色。