祁连山黄芪主要分布在青海东部的山坡沼泽地，海拔约3500米。
祁连山黄芪的花萼钟状，长约5毫米，萼筒带黑紫色，无毛，萼齿披针形，长约2毫米，内面被黑色柔毛。
祁连山黄芪的花冠黄色，干时呈黑褐色。
祁连山黄芪的茎多少短缩，具条棱，被极稀疏的白色或黑色柔毛。