马尔康糙果芹，多年生草本，全体有毛。
主根细长，圆锥形。
茎多分枝，开展，有细条纹。
基生叶柄长1.5-4厘米，叶鞘短，抱茎；
叶片羽状分裂，羽片3-5，呈卵形或倒卵形，长8-15毫米，宽5-12毫米，基部楔形，先端3裂至中部，裂片边缘有少数钝齿；
较上部的茎生叶通常3裂，裂片线形，全缘或有1-2齿。
复伞形花序顶生或与叶成对生，花序梗长1-5厘米，无总苞片和小总苞片；
伞辐通常2-4，长5-13毫米；
小伞形花序有花3-7；
萼齿退化；
花瓣近倒卵圆形，长、宽约1毫米，背面有毛，顶端有内折的小舌片；
花柱基短，在果期呈圆锥形，花柱直立或向外反折。
果实阔卵形，长约2毫米，先端窄、两侧扁压，表面密生向上弯曲的白糙毛，分生果横剖面近五角形，每棱槽内有油管3，合生面油管2-4；
胚乳腹面平直。
花期8月，果期9月。