墨脱蝇子草，多年生草本，高30-40厘米，全株密被紫色节腺毛。
根较粗壮，木质，褐色。
茎丛生或单生，直立，不分枝，下部常显紫色。
基生叶花期早枯；
茎生叶2-4对，叶片狭椭圆形或披针形，长3-7厘米，宽5-12毫米，基部楔形，顶端急尖，被腺柔毛，中脉明显。
花单生或2-3朵，微俯垂，后期直立，花梗长3-5厘米，密被腺柔毛；
苞片披针形；
花萼圆柱状钟形，微膨大呈囊状，长约25毫米，宽10-15毫米，口张开，基部脐形，密被紫色腺毛，纵脉紫黑色，被细硬毛，萼齿宽三角形，长4-6毫米，顶端急尖，边缘具缘毛；
雌雄蕊柄长约5毫米，被疏柔毛；
花瓣露出花萼3-6毫米，爪近楔形，长约15毫米，宽约6毫米，具耳，基部近无毛，瓣片微外露，紫色，轮廓近方形，4裂，裂片圆形或缺刻状，副花冠片近楔形，具不规则细圆齿；
雄蕊微露花冠喉部，花丝无毛；
花柱内藏。
蒴果卵形；
种子未见。
花期8-9月。
