南粤黄芩，茎近木质，近直立，高50厘米，钝四棱形，密被上曲的小硬毛，其长分枝，分枝上再有小分枝。
叶具柄，柄长2-5毫米，密被上曲小硬毛；
叶片坚纸质，卵圆形，长0.9-2.2厘米，宽0.4-1.4厘米，先端钝，基部宽楔形至圆形，边缘每侧具2-3个圆齿，上面橄榄绿色，下面较淡，两面密被小硬毛及间杂有腺点，侧脉约2对，与中脉在上面凹陷下面凸起。
花腋生于小分枝叶腋中；
花梗长约3.5毫米，密被上曲小硬毛，在中部稍上方有1对针状长不及0.5毫米的小苞片。
花萼开花时长1.5毫米，外面密被小硬毛，盾片小，高0.5毫米，果时花萼长3.5毫米。
花冠淡蓝色，长1.1-1.4厘米，外面被具腺疏柔毛，内面在上唇与侧裂片合生处疏被疏柔毛；
冠筒近直伸，基部微囊大，宽不及1毫米，至喉部宽2.5毫米；
冠檐2唇形。
雄蕊4，均内藏；
花丝扁平，前对内侧后对两侧中部以下被小疏柔毛。
花柱丝状，先端锐尖，微裂。
花盘扁圆形，前方微膨大，后方延伸成短子房柄。
子房4裂，裂片等大。
花果期6月。
