屏边黄芩，多年生草本；
茎纤细柔软，上升，高约30厘米，干时带紫色，近圆柱形，基部径约1.5毫米，稍分枝，密被白色上曲长硬毛。
叶具柄，柄长0.2-1厘米，茎下部者最长，茎上部者渐短，腹平背凸，密被长硬毛；
叶片坚纸质，茎下部者最大，宽三角状卵圆形，长宽约4厘米，向茎上部者渐小，宽卵圆形至卵圆形，长1.5-3厘米，宽1-2.5厘米，均先端急尖或微钝，基部大多心形，有时为截形至圆形，边缘有近于规则的圆齿或圆齿状锯齿，上面绿色，下面较淡，上面全部下面主沿脉上被白色糙伏毛，侧脉约3对，与中脉在上面凹陷下面凸出，细脉在下面明显。
花单生于菱状卵圆形全缘苞片的腋内，聚生于茎枝上部，形成长4-11厘米的总状花序；
花梗长2-2.5毫米，近基部有成对微小针状小苞片，与序轴均密被平展具腺稍柔软的长硬毛。
花萼开花时长2-3毫米，外面密被具腺长硬毛，盾片高约1毫米，果时花萼长4毫米，盾片略增大，扁圆形，高2.5毫米，宽4毫米，外卷，脉纹明显。
花冠粉红色且带紫斑，长1.4-1.5厘米，外面略被具腺小疏柔毛，内面在下唇片及其2侧裂片中央略被小疏柔毛，囊大上方有不明显的斜向疏柔毛环；
冠筒长约9毫米，近直伸，基部宽约2毫米，微囊大，向上渐增大，至喉部宽约3毫米；
冠檐2唇形，上唇直伸，盔状，卵圆形，长约2毫米，先端微凹，下唇中裂片平展，两侧边缘外卷，扁圆形，最宽处宽达8毫米，先端微凹，2侧裂片微小，内侧与上唇片合生，卵圆形，宽约2毫米，外卷。
雄蕊4，前对较长，微露出，具能育半药，退化半药不明显，后对较短，内藏，具全药，药室裂口均具白色髯毛；
花丝扁平，两侧近于无毛。
花柱细长，先端锐尖，微裂。
花盘扁圆形，前方稍隆起，后方延伸成很短的子房柄。
子房4裂，近等大。
成熟小坚果未见。
花期1-4月。