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黑花茜草的根多条簇生，条状，明显肉质，紫红色。
黑花茜草的学名是Rubia mandersii Coll. et Hemsl.
黑花茜草的茎直立或上部柔弱，不分枝或少分枝，方柱形，有4棱或狭翅，棱上有微小倒生皮刺，触之粗糙。
