基隆毛茛，多年生草本。
须根基部稍粗厚，伸长。
茎倾斜上升或直立，高5-20厘米，有叉状分枝或单一，大多生柔毛。
基生叶数枚，叶片肾状圆形或近圆形，直径8-15毫米，基部心形至截形，3深裂，中裂片倒卵状楔形，宽4-10毫米，有3齿或全缘，侧裂片斜卵形，有2-4齿或2裂，两面有柔毛或近无毛；
叶柄长5-10厘米，有柔毛或无毛，基部有膜质长鞘，老后呈纤维状残存。
下部叶与基生叶相似，叶柄渐变短，基部有膜质宽鞘抱茎，鞘常有柔毛；
上部叶无柄，3深裂，裂片线状披针形至线形，宽1-2毫米，大多全缘，顶端稍尖。
花单生茎顶和分枝顶端，直径1-1.5厘米；
花梗长2-4厘米或果期更长，生曲柔毛；
萼片卵圆形，长4-6毫米，背面生柔毛，边缘宽膜质，有时带紫色；
花瓣5，倒卵形至长圆形，长6-8毫米，基部有短爪，蜜槽呈点状；
花药长约1毫米，花丝2倍长于花药；
花托棒状，有残留果柄，无毛或有柔毛。
聚合果卵球形，直径约5毫米；
瘦果稍扁，长约1.5毫米，宽约1.3毫米，厚约1毫米，无毛或有细毛，喙直伸或弯，长0.5-1毫米。
花果期6月至8月。