小花月见草的萼片绿色或黄绿色，开放时稍变红色，狭披针形，长0.8-1.7厘米，宽2.5-4毫米，彼此靠合，先端离生，长1-5毫米，开放时反折，毛被同花管上的。
小花月见草的花期是7-9月，果期是10月。
小花月见草的花瓣为黄色或淡黄色。
小花月见草的蒴果锥状圆柱形，长2-4厘米，径3.5-5毫米，顶端渐狭，绿色，干时变黑色。