云南石豆兰，根状茎匍匐生根。
假鳞茎在根状茎上斜立，彼此靠近，狭卵形，长约2厘米，顶生1枚叶。
叶质地厚，椭圆状长圆形，长达13厘米，宽达3厘米，先端近钝尖，基部收窄为短柄。
花葶从假鳞茎基部抽出，细圆柱形，长约4厘米；
花序柄极短，粗约1毫米，顶生1-2朵花；
花苞片膜质，卵状长圆形，长约1.3厘米，先端锐尖；
花多少点垂；
中萼片卵形，凹的，长1.5厘米，中部宽7毫米，先端钝，具7条脉；
侧萼片卵状三角形，与中萼片等长，较宽，基部贴生在蕊柱足上而形成宽钝的萼囊，先端近钝尖，具6-7条脉；
花瓣椭圆形，长1.1厘米，中部宽约5毫米，先端圆形，边缘疏生细齿，具6-7条脉；
唇瓣直立，卵状长圆形，基部与蕊柱足末端连接而形成活动关节，两侧边缘从基部至先端具疣状凸起，先端钝并且稍向外弯，唇盘无褶片；
蕊柱粗短，长约5毫米，蕊柱翅在蕊柱基部稍向前伸展呈半月形；
蕊柱足长1厘米，其分离部分长5毫米；
蕊柱齿短、近截形；
药帽长圆形，前端收窄为狭长的尖头。