海南石豆兰，根状茎纤细，坚硬，粗约0.8毫米，节上具2-3条纤细、弯曲的根。
无假鳞茎。
叶出自根状茎的节上，肉质，彼此相距1-1.5厘米，椭圆形，长8-15毫米，中部宽6-8毫米，先端钝，基部具长约1毫米的柄，具多数或不明显的脉。
花葶出自生有叶的根状茎节上，直立，纤细，圆柱形，高出叶外，长2-3.5厘米，伞形花序具2朵花；
花序柄粗约0.4毫米，被3-4枚鞘；
鞘筒状，紧抱于花序柄，长约2.5毫米，先端锐尖；
花苞片卵状披针形，长约1.5毫米，先端锐尖；
花梗和子房长约3毫米；
花纯黄色，稍垂头，质地较厚，萼片分离；
中萼片卵状披针形，长5-7毫米，中部宽2.5毫米，先端近急尖，具3条脉，仅中肋到达先端；
侧萼片斜卵状三角形，长4.5-6.5毫米，中部宽3.2毫米，先端急尖，基部贴生在蕊柱足上，具3条脉，仅中肋到达先端；
花瓣长圆形，长约3毫米，中部宽1.2毫米，先端钝，具1条脉，边缘全缘；
唇瓣的整体轮廓为宽卵形，长3.2毫米，基部与蕊柱足连接而形成活动关节，中部以上骤然收狭而呈3裂，侧裂片近半圆形；
中裂片短小，披针形，长约1毫米，先端钝；
唇盘具一对八字形的胼胝体；
蕊柱长2毫米；
蕊柱足向上弯曲，长2.5毫米，其分离部分长约1毫米；
药帽光滑无毛。
花期11月。