二色马先蒿，低矮草本，高5-6厘米，丛生，有细毛，丛茎* 短缩，几不存。
叶几全为基出，有长柄，柄长1-1.5厘米，叶片椭圆形，长1-1.5厘米，宽5-6毫米，微有波状浅裂，裂片圆钝或亚截头，多少有细圆齿或亚全缘。
花腋生于丛茎上，有花梗，梗长1-1.5厘米；
萼长圆筒形，管长1.2厘米，宽4毫米，前方开裂，齿2枚，长5毫米，叶状；
花冠伸出的部分约与萼等长，长1.2-1.5厘米，有疏毛，盔紫色，直立部分长8毫米，向下弯曲之喙作S形，较直立部分为短，长4-5毫米，下唇黄色，很大，无毛，宽15毫米，侧裂宽1.2厘米，较短而凹头的中裂大得很多，后者长5-6毫米，宽5毫米；
花丝有毛。
花期7月。
