水蒜芥，一年生草本，高（10-）20-60厘米。
茎直立，基部或上部分枝，很少不分枝，无毛或有稀疏单毛，有时基部带淡紫色。
基生叶与下部的茎生叶具柄，叶片大头羽状分裂，顶端裂片大于侧裂片，侧裂片2-6对，叶型变化大；
中、上部茎生叶顶端裂片披针形，下部常与侧裂片汇合，侧裂片1-3对。
总状花序在果期极伸长达30厘米，花梗长3-6毫米，丝状，开展；
萼片窄长圆形，长2-3.5毫米；
花瓣黄色，长3-4毫米，顶端钝圆，基部渐窄成爪。
长角果圆筒状，长25-30（45-）毫米，宽约1毫米，直或略弯曲，种子间略为缢缩；
果瓣顶端钝尖，基部钝圆；
隔膜膜质；
果梗长（4-）10-15毫米，果实末端略上翘。
种子长圆状卵形，长约1毫米，黄褐色。
果期7月。
