长管黄芩，多年生草本；
根茎密生稍肥大的须状根。
茎高达60厘米，上升直立，柔弱，钝四棱形，疏被具节的微硬毛，常带紫色，甚多分枝，枝条具四浅沟，密被具节的微硬毛。
叶草质，卵圆形，长1.7-4厘米，宽0.8-2.5厘米，先端急尖，基部圆形，边缘有整齐的6-9对具胼胝体的圆齿状锯齿，上面绿色，下面较淡但有时带紫色，上面疏被下面较密被具节糙伏毛，侧脉约5对，与中脉上面微凹陷下面突出；
叶柄长0.7-1.5厘米，近扁平，密被具节微硬毛。
花对生，于茎及枝顶排列成长5-13厘米的总状花序；
花梗长达4.5-5（6）毫米，与序轴密被具节带腺微硬毛；
苞片菱状卵圆形，连短柄长0.6-1.5厘米，最下部者多少叶状，先端急尖，基部宽楔形，边缘具1-2对圆齿状锯齿，两面被微硬毛。
花萼开花时长3.5毫米，密被具腺微柔毛，果时长达4毫米，盾片开花时高2毫米，果时增大，高4毫米。
花冠玫瑰红至淡紫，长（2）-2.6-2.9厘米，外被具腺微柔毛，内面在喉部略被微柔毛余无毛；
冠筒细长，近于直伸，前方基部稍膝曲状，中部宽约2毫米，至喉部宽达5毫米；
冠檐2唇形，上唇盔状，内凹，先端微凹，下唇中裂片三角状卵圆形，两侧内缢，基部收缩，宽达6毫米，先端微凹，两侧裂片卵圆形，宽2.5毫米。
雄蕊4，二强；
花丝扁平，中部以下被小纤毛。
花盘肥大，前方隆起；
子房柄长0.5毫米。
花柱细长。
子房光滑。
成熟小坚果未见。
花期5-12月。
