黑鳞珍珠茅，匍匐根状茎短，木质，密被紫红色、长圆状卵形的鳞片。
稈直立，三稜形，高60-100厘米，直径2-4毫米，有时被稀疏短柔毛，稍粗糙。
叶线形，向顶端渐狭，顶端多少呈尾状，长4-35厘米，宽4-8毫米，纸质，无毛或多少被疏柔毛，稍粗糙；
叶鞘纸质，长1-10厘米，有时被疏柔毛，在近稈基部的鞘钝三稜形，紫红色或淡褐色，鞘口具约3个大小不等的三角形齿，在稈中部的鞘锐三稜形，绿色，很少具狭翅；
叶舌半圆形，被紫色髯毛。
圆锥花序顶生，很少具1个相距稍远的侧生枝圆锥花序，长4-7厘米（连侧生枝圆锥花序在内可达11厘米），宽2-4厘米，分枝斜立，密或疏，具多数小穗；
小苞片刚毛状，基部有耳，耳上具髯毛；
小穗通常2-4个紧密排列，很少单生，长约3毫米，多数为单性，极少两性；
雄小穗长圆状卵形，顶端截形或钝；
鳞片卵状披针形或长圆状卵形，在下部的3-4片纸质，稍具龙骨状突起，背面上半部常被糙伏毛，有时具短尖，在小穗上部的质较薄而色浅；
雌小穗通常生于分枝的基部，披针形或窄卵形，顶端渐尖，具较少鳞片；
鳞片卵形、三角形或卵状披针形，色较深；
雄花具3个雄蕊，花药线形，长2毫米，药隔突出部分长约为花药的1/4-1/5;子房被长柔毛，柱头3。
小坚果卵珠形，钝三稜形，顶端具短尖，直径2毫米，白色，表面有不明显的四至六角形网纹，部分横皱纹较明显，其上常常呈锈色并疏被微硬毛；
下位盘直径稍小于小坚果，或多或少3裂，裂片半圆状三角形，顶端钝圆，边缘反折，淡黄色。
花果期5-7月。
