草茨藻，一年生沉水草本。
植株较柔软，纤弱，下部匍匐，上部直立，呈黄绿色或深绿色，基部节上多生有不定根；
株高10-20厘米，茎干光滑无齿，圆柱形，直径0.5-1毫米，节间长1-2厘米，或更长；
基部分枝较多，上部分枝较少，呈二叉状。
叶3（至多）枚假轮生，或2枚近对生，无柄；
叶片狭线形至线形，长1-2.5厘米，宽约1毫米，中脉1条，明显，背面沿脉无锯齿，先端渐尖，边缘每侧有较密而微小的细齿30-50枚，肉眼不易察觉，齿端为黄褐色刺细胞，叶基扩大成鞘，抱茎；
叶耳长三角形，长1-2毫米，两侧均着生数枚褐色刺状细齿。
花单性，腋生，常单生，或2-3朵聚生；
雄花浅黄绿色，椭圆形，多生于植株上部，长约1毫米，无佛焰苞；
花被裂片圆形，花药4室；
花粉粒椭圆形；
雌花无佛焰苞和花被，雌蕊长圆形，长约1.2毫米，直径约0.7毫米，花柱长约1毫米，柱头2-4裂。
瘦果黄褐色至褐色，长椭圆形，长1.5-2毫米，直径约0.8毫米，柱头宿存。
种皮坚硬，易碎，种脊明显；
外种皮细胞约30纵列，在种子中部呈比较规则的六边形，轴向长于横向，向种子两端逐渐变成不规则的多边形，但仍成行排列。
花果期6-9月。
2n=12, 36。
