小穗凤仙花，一年生细弱草本，高30-60厘米，全株无毛。
茎直立，疏分枝。
叶互生，具短柄，叶片硬质，卵形或卵状长圆形，长4-8厘米，顶端渐尖，基部尖，边缘具圆齿或圆齿状锯齿，侧脉6-7对，上面深绿色，下面浅绿色；
叶柄长0.5-1.5厘米，无腺体或具1-3个腺体，基部无腺体。
总花梗生于上部叶腋，与叶等长或长于叶，丝状，开展或弯曲，具3-5花；
花梗长5-10毫米，结果时伸长2倍，基部具苞片；
苞片极小，刚毛状。
花小，淡黄色，长约1厘米，开展。
侧生萼片2，卵状圆形，膜质，长3-4毫米，顶端钝，具5条脉；
旗瓣圆形，直径6毫米，两端凹入，背面中肋细，不增厚，钝；
翼瓣短，无柄，长达5毫米，2裂，基部裂片圆形，上部裂片小，背部无小耳 (？) 唇瓣长1.3-1.5厘米，檐部近漏斗状，口部平展，先端尖，基部渐狭成长于檐部3倍顶端内弯的距。
花丝线形；
花药尖。
子房纺锤状，直立，具5条棱，顶端渐尖。
蒴果线形，长2厘米，直或稍弯，顶端渐尖，具5棱，种子5枚，椭圆状，长3.5-3毫米，栗褐色，无毛而有光泽。
花期8-9月，果期10月。
