黄头小甘菊，多年生草本，高4-10厘米，被棉毛，主根细，直伸，由很短的根颈上生出多数或少数茎枝。
茎极缩短，向上转变为无叶或几无叶的花序葶。
基生叶多数，被密棉毛，长2-3厘米，宽0.5-1厘米，有远长于叶片且基部扩大的叶柄，叶片长圆形或卵形，羽状深裂，裂片3-4对，线状长圆形至倒卵形，宽1-2毫米，常全部或部分再次2-4深裂或浅裂，小裂片顶端钝或稍尖；
茎生叶1-2，极退化，全缘。
头状花序单生，但植株有多数头状花序，花序葶直立，长2-8厘米。
总苞直径10-17毫米，长4-6毫米，密被棉毛；
总苞片草质，外层少数，披针形或条状披针形，内层较长，长圆状线形，全部具褐色至深褐色的宽膜质边缘，顶端多少扩大；
花冠黄色，管状，长2.5-3.5毫米，檐部5齿裂。
瘦果长1.5-2.2毫米，具5-6条纵肋，无毛或稀在顶部多少具疏柔毛；
冠毛膜片状，长2.5-3.5毫米，自基部或近基部裂成8-12个线形或矩圆形裂片，顶端稍尖，多少有不规则的裂齿，带淡褐色。
花果期7-8月。
