小果亚麻荠，一年生草本，高20-60厘米，具长单毛与短分枝毛。
茎直立，多在中部以上分枝，下部密被长硬毛。
基生叶与下部茎生叶长圆状卵形，长1.5-8厘米，宽3-15（-20）毫米，顶端急尖，基部渐窄成宽柄，边缘有稀疏微齿或无齿；
中、上部茎生叶披针形，顶端渐尖，基部具披针状叶耳，边缘外卷，中、下部叶被毛，以叶缘和叶脉上显著较多，向上毛渐少至无毛。
花序伞房状，结果时可伸长达20-30厘米；
萼片长圆卵形，长2.5-3毫米，白色膜质边缘不达基部，内轮的基部略成囊状；
花瓣条状长圆形，长3.3-3.8毫米，爪部不明显。
短角果倒卵形至倒梨形，长4-7毫米，宽2.5-4毫米，略扁压，有窄边；
果瓣中脉基部明显，顶部不显，两侧有网状脉纹；
花柱长1-2毫米。
种子长圆状卵形，长1-1.2毫米，棕褐色。
花期4-5月。
