丽江南星，块茎近圆球形，直径3-4.5厘米，常具直径1-1.5厘米的小球茎，须根多数。
鳞叶3，膜质，披针形，渐尖，最内的长7-15厘米，有紫色斑块。
叶1，叶柄长20-37厘米，下部4-5厘米鞘状；
叶片3全裂，裂片无柄或中裂片具短柄，宽卵形或近菱形，先端短渐尖或骤狭渐尖，基部宽楔形或圆形，全缘，侧脉和网脉背面较清晰，集合脉距边缘3-5毫米，中裂片对称，长6-15厘米，宽6.5-13厘米；
侧裂片较小，基部稍偏斜或极偏斜，长5.5-13厘米，宽4.5-10厘米。
花序柄短于叶柄，长13-23厘米。
佛焰苞紫色或紫红色，具淡绿色纵条纹，长7-10厘米，管部粗短，长2.5厘米，宽1.3-1.5厘米，圆柱形，喉部边缘1毫米反卷；
檐部卵状披针形，直立或略下弯，长渐尖，长3.5-4厘米（包括尖头）。
肉穗花序单性，雄花序圆柱形，长9-15毫米，粗2毫米，花密，雄花无柄或上部的具短柄，花药1-2，药室球形，顶孔开裂；
雌花序圆锥形，长1.4厘米；
基部粗1厘米，花密集，子房绿色，倒圆锥形，柱头盘状，无柄，胚珠3，直立；
附属器长2.5-3厘米，仅及佛焰苞檐部，近直立，上部下倾，基部粗约1毫米，向下渐狭为长2-3毫米的柄，向上稍细，先端粗0.5毫米。
花期6-7月。
