帕米尔柳穿鱼，多年生草本，全株无毛，高15-20厘米。
茎宿存的部分位于地下，直径达1厘米，当年生的茎基部分枝。
叶互生，条状椭圆形，长1.5-3厘米，宽3-5毫米，两端急尖，有模糊的3条脉。
花序花期长达7厘米，有花多达10朵，苞片卵状披针形，长于花梗，花梗花期长仅2毫米；
花萼下部疏生粒状腺毛，裂片长矩圆形，顶端钝或圆钝，长约3毫米，宽1-1.5毫米；
花冠紫红色，长（除距）达14毫米，上唇凹口深1.8毫米，裂片中部宽达3毫米，下唇比上唇短2毫米，侧裂片短，宽达3毫米，中裂片稍狭窄，顶端钝，距尖端稍弯曲，长7-8毫米。
花期5-6月。