卓巴百合，鳞茎近球形，高2-3厘米，直径2.5-4厘米；
鳞片卵形，长1.5-2厘米，宽7-9毫米。
茎高60-100厘米，紫褐色，有小乳头状突起。
叶散生，狭披针形，长3-5.5厘米，宽6-7毫米，上面具明显的3条下陷脉，两面均无毛，边缘有小乳头状突起。
总状花序有花2-10朵，少有花单生；
苞片叶状，卵形至披针形，长2.5-4.5厘米，宽5-16毫米；
花下垂，花被片反卷，淡紫红色或粉红色，有深紫色斑点，矩圆形或披针形，长5.5-6厘米，宽8-10毫米，蜜腺两边无流苏状突起；
花丝钻状，长4-4.5厘米，无毛，花药紫色，花粉橙黄色；
子房圆柱形，长约1厘米；
花柱长为子房的3倍以上，柱头近球形，3裂。
花期7月。
