异果鹤虱，茎通常1条，直立，高10-25厘米，有密长毛。
叶线形，灰绿色，长1-3厘米，宽1-2毫米，密生有基盘的长糙毛。
花有花梗，果期花梗长达1.2厘米，苞片与叶同形；
花萼裂片线形，长约2.5毫米，有毛，果期稍增大；
花冠蓝紫色，稍长于萼，筒部与檐部近等长，外面有5条纵龙骨，檐部裂片卵状披针形，先端钝，喉部明显隘缩，附属物梯形，长约0.4毫米；
雄蕊着生花冠筒中部，花药卵形，长约0.4毫米；
花柱长约0.6毫米。
小坚果狭长卵形，长5-6毫米，背面边缘有1排长2-2.5毫米的锚状刺，背面中央有疣状突起。
花果期4-6月。