短叶水蜈蚣，根状茎长而匍匐，外被膜质、褐色的鳞片，具多数节间，节间长约1.5厘米，每一节上长一稈。
稈成列地散生，细弱，高7-20厘米，扁三稜形，平滑，基部不膨大，具4-5个圆筒状叶鞘，最下面2个叶鞘常为干膜质，棕色，鞘口斜截形，顶端渐尖，上面2-3个叶鞘顶端具叶片。
叶柔弱，短于或稍长于稈，宽2-4毫米，平张，上部边缘和背面中肋上具细刺。
叶状苞片3枚，极展开，后期常向下反折；
穗状花序单个，极少2或3个，球形或卵球形，长5-11毫米，宽4.5-10毫米，具极多数密生的小穗。
小穗长圆状披针形或披针形，压扁，长约3毫米，宽0.8-1毫米，具1朵花；
鳞片膜质，长2.8-3毫米，下面鳞片短于上面的鳞片，白色，具锈斑，少为麦稈黄色，背面的龙骨状突起绿色，具刺，顶端延伸成外弯的短尖，脉5-7条；
雄蕊3-1个，花药线形；
花柱细长，柱头2，长不及花柱的1/2。
小坚果倒卵状长圆形，扁双凸状，长约为鳞片的1/2，表面具密的细点。
花果期5-9月。
