云南土沉香，灌木至小乔木，高1-3米，各部均无毛；
枝具纵棱，疏生皮孔。
叶互生，纸质，叶片卵形或卵状披针形，稀椭圆形，长6-13厘米，宽2-5.5厘米，顶端渐尖，基部渐狭或短尖，有时钝，边缘有尖的腺状密锯齿，齿间距1-2毫米；
中脉两面均凸起，背面尤著，侧脉6-10对，弧形上升，离缘2-3毫米弯拱网结，网脉明显；
叶柄长2-5毫米，无腺体；
托叶小，腺体状，长约0.5毫米。
花单性，雌雄同株同序，花序顶生和腋生，长2.5-6厘米，雌花生于花序轴下部，雄花生于花序轴上部。
雄花：花梗极短；
苞片阔卵形或三角形，长约1. 3毫米，宽约1.5毫米，顶端凸尖，基部两侧各具一近圆形、直径约1毫米的腺体，每一苞片内有花2-3朵；
萼片3，披针形，长约1.2毫米，宽0. 6-0.8毫米；
雄蕊3枚，花药球形，比花丝长。
雌花花梗极短或不明显；
苞片卵形，长约2.5毫米，宽近1.5毫米，顶端芒尖，尖头长达1.5毫米，基部两侧各具一正圆形、直径约1.5毫米的腺体；
小苞片2，长圆形，长约1.5毫米，顶端具不规则的3齿；
萼片3，基部稍联合，卵形，长约1.5毫米，宽约1.2毫米，顶端尖，边缘有不明显的小齿；
子房球形，直径约1.5毫米。
蒴果近球形，具3棱，直径约1厘米；
种子卵球形，干时灰黑色，平滑，直径约4毫米。
花期6-8月。
