海南黄檀，乔木，高9-16米；
树皮暗灰色，有槽纹。
嫩枝略被短柔毛。
羽状复叶长15-18厘米；
叶轴、叶柄被褐色短柔毛；
小叶(3-)4-5对，纸质，卵形或椭圆形，长3-5.5厘米，宽2-2.5厘米，先端短渐尖，常钝头，基部圆或阔楔形，嫩时两面被黄褐色状贴短柔毛。
成长时近无毛；
小叶柄长3-4毫米，被褐色短柔毛。
圆锥花序腋生，连总花梗长4-9(-13)厘米，径4-10厘米，略被褐色短柔毛；
花初时近圆形，极小；
副萼状小苞片阔卵形至近圆形；
花萼长约5毫米，与花梗同被褐色短柔毛，萼齿5，不相等，花冠粉红色，各瓣均具长2-2.5毫米瓣的，旗瓣倒卵状长圆形，长约9毫米，宽约5毫米，翼瓣菱状长圆形，长9-10毫米，宽约3毫米，内侧有下向的耳，龙骨瓣较短，亦具耳；
雄蕊10，成5 5的二体；
子房线形，具短柄，除花柱外密被短柔毛，有胚珠1-3粒。
荚果长圆形，倒披针形或带状，长5-9厘米，宽1.5-1.8厘米，直或稍弯，顶端急尖，基部楔形，渐狭下延为一短果颈，果瓣被褐色短柔毛，对种子部分不明显凸起，有网纹，有种子1(-2)粒。
